Iako je branič hrvatske nogometne reprezentacije i bundesligaša Wolfsburga na svim redovnim testiranjima uoči triju utakmica Vatrenih u studenome imao negativan rezultat, dva dana pred dvoboj Lige nacija s Portugalom u Splitu razvio je simptome bolesti pa je liječnička služba Hrvatskog nogometnog saveza odlučila dodatno ga testirati i njegov je nalaz bio pozitivan.
Pongračić je još uoči ponovnog testiranja bio izoliran od ostatka reprezentacije, a po dolasku nalaza i u dogovoru s njegovim klubom otputovao je za Njemačku.
Zbog poštivanja epidemioloških pravila te Uefinog Return to Play protokola, epidemiološke službe smatrale su da nije potrebna izolacija drugih članova reprezentacije.